האם לאחרונה הצליחו היסטוריונים וארכיאולוגים לעלות על מיקום באר מרים? אם להסתמך על מחקר שנערך לאחרונה ע"י הארכיאולוג ועובד רשות העתיקות לשעבר יוסי סטפנסקי, נראה כי נמצא הבאר, וזאת בהסתמך על המסורת הגלילית כפי שקבע האר"י הקדוש. על פי אותו בסיס מידע, עולה כי מיקומה של באר מרים הוא לא אחר מחופה של טבריה, בקטע שעדיין קיים וניתן לבקר בו. מסתבר שהאריז"ל ביקר בטבריה באותו מקום ותיאר זאת  בספר 'שער הגלגולים'.  תיאור זה, הידוע ברבים, אינו נותן מיקום מדויק של האתר אלא רק מיקום כללי, ועד עתה אי אפשר היה להצביע על המקום מתוך המקור הזה.

הגילוי של המקום המדויק של המקום, שהוא חלק ממחקר חדש ומתמשך על קברי צדיקים ומקומות קדושים הנערך בשותפות עם חוקר קברי הצדיקים הירושלמי ישראל הרצברג, נודע בעקבות חקירת מקור קדום נוסף ופחות ידוע מכתבי האר"י, הוא הספר 'נגיד ומצוה' מפי רבי יעקב צמח שנכתב כ- 60 שנה לאחר האר"י, ושכלולות בו ידיעות מקוריות שהוא שמע מפי בנו של ר' חיים ויטאל, שמואל, כשהיה בדמשק. בספר זה מוזכר תיאור מדויק של מקום באר מרים, ויתר על כן – במקום זה ממש השקה האר"י הקדוש את רבי חיים ויטאל מן המים הקדושים ואז הוא קיבל 'את כל חכמתו' !     

וכך נכתב בספר: " כשאני חיים באתי אצל מורי ז"ל ללמוד ממנו זאת החכמה, הלך מורי ז"ל לטבריה והוליכני עמו… וכשהיינו מהלכים בספינה בתוך המים, כנגד העמודים של בית הכנסת הישן, אז לקח מורי ז"ל כוס אחד ומילא אותו מים מבין העמודים, והשקה לי אותם המים, ואמר לי: עכשיו תשיג בזאת החכמה, כי אלו המים ששתית היו מבארה של מרים. ומאז ואילך התחלתי ליכנס בעומק החכמה הזאת".

מסתבר שגם בתקופות מאוחרות יותר היו נוהגים יהודים להגיע אל אותו מקום שהתגלה במקר החדשו, וזאת כפי שמזכיר ומציין רבי חיים הלוי הורוויץ בספרו 'חיבת ירושלים': "כשהולכים מתוך העיר לחמי טבריה כמו באמצע הדרך אשר שם חורבות מי"ג בי כנישתא יש שם אבנים שנכנסים תוך ים כנרת והולכים עליהם כמה אמות ואומרים סימנא מילתא כי שם היא הבאר".  ומכאן שברור הדבר שבאר מרים זוהתה בין או ליד עמודים עתיקים, שזוהו עם אחד מבתי הכנסת העתיקים של טבריה מתקופת המשנה והתלמוד.