על פי פרסומים רשמיים, המכון למחקר ביולוגי מופקד על עריכת מחקרים אזרחיים וביטחוניים בעלי חשיבות לאומית בתחומי הביולוגיה, הכימיה ומדעי הסביבה, וביניהם מחקרים לפיתוח יכולת התמודדות עם נשק כימי וביולוגי. חלקים נכבדים מפעילותו של המכון נמצאים תחת מעטה חשאיות כבד. לצד פעילויות אלו עוסק המכון במחקר ביולוגי ורפואי גלוי, כמוסד מחקר אזרחי לכל דבר.  

 על פי פרסומים זרים, הוקם המכון על מנת לפתח חומרי לחימה ביולוגיים וכימיים, לצד פיתוחה של יכולת התגוננות מפניהם. מקורות אלה טוענים, בין השאר, כי במכון מפותחים עשרות סוגים של חיידקים אלימים (דוגמת חיידקי גחלת), חומרי לחימה כימיים ורעלנים מורכבים. מעולם לא ניתן לידיעות אלו אישור ממקור ישראלי רשמי, ואף נמסרו כמה הכחשות מפורשות. בידי מערכת האנציקלופדיה אין מידע מוצק המאפשר להכריע בין הטענות, ולכן נתקשה להכריע בשאלת רמת הסכנה הקיימת, אם בכלל, לתושבי הסביבה.